曼陀罗绘画治疗的原理是心理分析荣格学派的自性理论，自性具有保护性、凝聚性、整合性、咨询性和超越性的特性，通过曼陀罗绘画能够激发出绘画者的自性原型，从而获得治疗的作用。

曼陀罗图案中的颜色也有一定的象征意义，例如蓝色是大海和蓝天的意象，象征我们内心的平静，也象征一种沉着的智慧；绿色则是大自然的颜色，同时它树叶的意象也是一种母性的象征，象征人奉献以及付出的品质等等。

曼陀罗绘画具有表达和转化情绪的作用，曼陀罗与结构性的涂色有助于减少焦虑，而且曼陀罗比结构性的涂色效果更好，原因是曼陀罗绘画通过凝聚及整合功能，可以增强内心的秩序感，从而减少弥散性焦虑的程度。曼陀罗具有优化情绪的效果，绘制曼陀罗后情绪体验较为积极。

Mardy等人研究发现曼陀罗团体绘画有助于提高成员之间的亲密感和认同感。被试在绘画曼陀罗后，其自我觉察及主观幸福感显著提高，原因是曼陀罗绘画能够唤醒内在自性的整合功能。

神经症主要是内心具有强烈的冲突，并长期无法化解，通过各种显著性或躯体化的方法表达。曼陀罗给予他们在安全的空间里表达冲突的机会，使冲突得以化解。